Кафедра церковно-исторических дисциплин Свято-Филаретовского института была образована в 1997 году. В сентябре 2009 года ее возглавил к.и.н., магистр богословия К.П. Обозный.
Приоритетным направлением научной работы кафедры являются темы, связанные с опытом новомучеников и исповедников Российских, с общинно-братским движением в Православной Церкви.
Преподаватели кафедры, наряду с учебной деятельностью в Свято-Филаретовском институте и других московских ВУЗах, участвуют в различных научных конференциях, публикуют свои статьи и монографии.
Именно история, по мнению прот. Георгия Флоровского, является самой христианской из всех научных дисциплин. Христианин не может не быть историком, потому что нельзя не знать традицию, не помнить о подчас глубоко трагичном прошлом страны, не уметь сопоставлять факты и осмысливать их в контексте современной отечественной и мировой истории. Каждый наученный христианин должен не просто интересоваться историей, но ее хорошо знать и уметь различать те или иные её плоды в современности. В этом — замечательное средство, предохраняющее от нетрезвенности, от имперской гордыни, от церковного национализма и филетизма. Именно история являет нам подлинность обетования нашего спасения, позволяет смотреть в будущее с верой и надеждой, оставаться верными Христу и Его Церкви.
В 2009 году кафедра приняла решение повысить уровень исторических исследований и выпускных работ в СФИ, поэтому в настоящее время итоговые работы на кафедре могут писать только те студенты, которые имеют специальное образование или показали особые способности в этой сфере за время обучения.
В планах кафедры выпуск альманаха студенческих работ, выполненных по церковно-исторической тематике, а также организация работы постоянно действующего семинара по проблемам изучения наследия новомучеников и исповедников российских в ХХ веке. Он будет осуществляться в форме регулярных открытых семинаров (2 раза в год).