Учебная программа, помимо общепрофессиональных общегуманитарных, социально-экономических и естественно-научных дисциплин, предусматривает преподавание комплекса специальных дисциплин:
а) основных богословских: Священного писания Ветхого и Нового завета, литургики, сакраментологии, миссиологии, катехетики и гомилетики, этики и аксиологии в религии, эстетики и религиозного искусства, аскетики, мистики, догматики, экклезиологии и патрологии и сравнительного богословия, истории древней церкви и истории Русской православной церкви;
б) философии и смежных гуманитарных: логики, истории философии, русской религиозной философии XIX-XX вв., науки и религии, биоэтики, истории архаичных и нехристианских религий;
в) вспомогательных курсов: древнееврейского, древнегреческого, церковнославянского и английского языка, церковного пения и чтения.
Все студенты проходят производственно-ознакомительную (в форме каритативной и богослужебной), научно-исследовательскую и педагогическую практику.